Wewnętrzny system zapewniania jakości kształcenia w Akademii Morskiej w Szczecinie opiera się na procesach i jednostkach organizacyjnych, których celem jest systematyczne podnoszenie jakości oferowanych przez Akademię usług w zakresie szkolenia kadr związanych z gospodarką morską. Oferta kształcenia Akademii budowana jest zgodnie ze strategią uwzględniającą aspiracje krajowe i międzynarodowe Uczelni.

Atutem Akademii Morskiej w Szczecinie jest podejmowanie kształcenia w unikatowych obszarach związanych z gospodarką morską, co jest źródłem przewagi konkurencyjnej na rynku międzynarodowym. Dlatego system zapewniania jakości kształcenia powinien wspierać działania związane z adaptacją rynkową oferty Uczelni - zwłaszcza w zakresie nowych kierunków i specjalności, które będą tworzone w oparciu o potrzeby zarówno gospodarki morskiej w aspekcie regionalnym, jak i międzynarodowym.

Akademia Morska w Szczecinie kształci studentów zgodnie z Konwencją o wymaganiach w zakresie wyszkolenia marynarzy, wydawania świadectw oraz pełnienia wacht (The International Convention on Standards of Training, Certification and Watchkeeping for Seafarers ) – STCW. Konwencja w pkt. I/8 wymaga, aby ośrodki szkolące kadry morskie kształciły według jednolitych zasad i wytycznych. Obowiązek wdrożenia systemu zarządzania jakością jest gwarancją realizacji powyższych wytycznych. Minister właściwy ds. gospodarki morskiej w ślad za postanowieniami konwencji wydał rozporządzenie z którego wynika, że jednym z warunków prowadzenia działalności szkoleniowej zgodnie z wymaganiami Konwencji STCW jest posiadanie udokumentowanego systemu zarządzania jakością. Akademia Morska w Szczecinie w 1998 roku uzyskała Certyfikat Zarzadzania Jakością, którego zakres dotyczy kształcenia studentów. System Zarzadzania Jakością, zgodny z normą ISO serii 9000, przez wiele lat doskonalony, obok innych systemów funkcjonujących na Uczelni takich jak: System Kontroli Zarządczej, System Rozwoju Naukowego Kadry, System Zarzadzania Bezpieczeństwem (ISM) na statku badawczo – szkolnym m/s Nawigator XXI, system Uczelnia XP, system wymiany studencko – pracowniczej AM, system stypendialny itd., stanowi fundament Wewnętrznego Systemu Zapewnienia Jakości Kształcenia AM.

Akademia Morska w Szczecinie jest organizacją skupiającą się na kliencie zewnętrznym i wewnętrznym, na pracodawcach z różnych gałęzi związanych z gospodarką morską oraz studentach, który jest podstawą jego funkcjonowania. Działalność AM zależy od klientów, dlatego Uczelnia musi identyfikować i rozumieć ich bieżące i przyszłe potrzeby, aby być w stanie spełniać wymagania klienta, a w rzeczywistości starać się wykraczać poza nie. W Akademii Morskiej w Szczecinie realizowane jest to poprzez ciągłe monitorowanie działań związanych ze zmianami międzynarodowych przepisów w zakresie kierunków kształcenia i możliwość rozpoczęcia szkoleń w zakresie zmian w momencie ich zatwierdzenia.

Zarządzanie w Akademii Morskiej w Szczecinie realizowane jest na zasadzie przywództwa, co zapewnia jedność celów, kierunku i stwarza środowisko, w którym ludzie będący zatrudnieni w AM angażują się w pełni w osiąganie celów organizacji.

Współpraca i zaangażowanie pracowników AM pozwala na pełne i efektywne wykorzystanie ich zdolności z korzyścią dla Uczelni. Każda decyzja podejmowana w AM oparta jest na logicznej i intuicyjnej analizie danych i rzeczowych informacji.
System ten jest poddawany systematycznej ewaluacji i doskonaleniu.